Ikääntynyt Aliide Truu asuu yksin taloaan Viron maaseudulla. Maa on itsenäistynyt edellisenä vuonna ja maareformi on alkanut. Vanhan naisen arjen katkaisee pihalle pyörtynyt parikymppinen Zara. Tultuaan tajuihinsa Zara kertoo pakenevansa väkivaltaista miestään. Kohtaaminen nostaa Aliiden mieleen repivät muistot nuoruuden traagisesta rakkaudesta ja valinnoista, jotka sinetöivät hänen lähimpiensä kohtalon. Omiin epätoivoisiin ratkaisuihinsa pakotetun Zaran tilanne puolestaan osoittaa, että vaikka aika on toinen, vaino ei ole loppunut, muuttanut vain muotoaan.
Puhdistuksen syvintä ydintä on petos, johon epätoivoiset tunteet ajavat. Romaani avaa myös Viron vaiettua lähihistoriaa yhden suvun kokemusten kautta.
Kirja antaa äänen sodan, kommunismin ja sorron uhreille. 1940-luvulla koettujen nöyryytysten ohella teoksessa nousee esiin nykynaisiin epävakaissa yhteiskunnallisissa olosuhteissa kohdistuva hyväksikäyttö.