Milton Hatoum nasceu em 1952, em Manaus (Amazonas), onde passou a infância e uma parte da juventude. Em 1967 mudou-se para Brasília, onde estudou no Colégio de Aplicação da UnB. Morou durante a década de 1970 em São Paulo, onde se diplomou em arquitetura na Faculdade de Arquitetura e Urbanismo da USP, trabalhou como jornalista cultural e foi professor universitário de História da Arquitetura. Em 1980 viajou como bolsista para a Espanha, onde morou em Madri e Barcelona. Depois passou três anos em Paris, onde estudou literatura comparada na Sorbonne (Paris III). Autor de quatro romances premiados, sua obra foi traduzida em dez línguas e publicada em catorze países.
Foi professor de literatura francesa da Universidade Federal do Amazonas (1984-1999) e professor visitante da Universidade da California (Berkeley/1996). Em 2008 foi nomeado Tinker Professor de literatura latino-americana na Stanford University (EUA).
Foi também escritor residente na Yale University (New Haven/EUA), Stanford University e na Universidade da California (Berkeley). Bolsista da Fundação VITAE, da Maison des Ecrivains Etrangers (Saint Nazaire,França) e do International Writing Program (Iowa/EUA).
Em 1989 seu primeiro romance (Relato de um certo Oriente), ganhou o prêmio Jabuti (melhor romance). Em 2000 publicou o romance Dois irmãos (prêmio Jabuti/ indicado para o prêmio IMPAC-DUBLIN), eleito o melhor romance brasileiro no período 1990-2005 em pesquisa feita pelos jornais Correio Braziliense e O Estado de Minas. Em 2005, seu terceiro romance (Cinzas do Norte ), obteve cinco prêmios: - Prêmio Portugal Telecom,Grande Prêmio da Crítica/APCA-2005, Prêmio Jabuti/2006 de Melhor romance, Prêmio Livro do Ano, Prêmio BRAVO! de literatura). Em 2010 a tradução inglesa de Cinzas do Norte(Ashes of the Amazon/Bloomsbury/2008) foi indicada para o prêmio IMPAC-DUBLIN.

Em 2008 publicou seu quarto romance ( Órfãos do Eldorado ), que faz parte da coleção Myths, da editora escocesa Canongate. Órfãos do Eldorado será traduzido em 16 línguas, tendo já sido publicado na França, Inglaterra, Alemanha, Portugal, Suécia e Croácia. Em 2009 publicou o livro de contos A cidade ilhada.

Hatoum publicou também ensaios e artigos sobre literatura brasileira e latino-americana em revistas e jornais do Brasil, da Espanha, França e Itália. Alguns de seus contos foram publicados nas revistas Europe, Nouvelle Revue Française (França), Grand Street (Nova York) e Quimera (México). Participou de várias antologias de contos brasileiros publicados na Alemanha e no México, e da Oxford Anthology of the Brazilian Short Story.
Desde 1998 mora em São Paulo, onde é colunista do Caderno 2 (O Estado de S. Paulo) e do site Terra Magazine.